Doktorand i datadriven cell- och molekylärbiologi

Kontextuell modellering av IDP:er i cancerhubbar – från proxiomer till direkta interaktioner: En DDLS-doktorandtjänst vid LiU i samarbete med University of Toronto

Vid Linköpings universitet utlyser vi en tjänst som DDLS-doktorand inom "Datadriven cell- och molekylärbiologi". Området omfattar forskning som i grunden förändrar vår kunskap om hur celler fungerar genom att studera deras komponenter i tid och rum, från enskilda molekyler till kontext i vävnad.

Specifikt syftar detta projekt till att utnyttja masspektrometribaserad proxiomdata för att fördjupa vår förståelse av hur nativt oordnade proteiner (IDP:er) binder till och reglerar kritiska multiproteinkomplex. Vi kommer att göra detta genom utveckling av nya pipelines för prediktiv interaktionsmodellering, kompletterat med kollaborativ validering med hjälp av cellulära och biofysikaliska tekniker. Den integrerade strategin möjliggör strukturell och dynamisk karaktärisering av IDP‑interaktioner i deras naturliga cellulära kontext, vilket skapar nya terapeutiska möjligheter att störa kritiska interaktioner i cancer.

Dina arbetsuppgifter

Som doktorand ägnar du dig åt din forskarutbildning och forskningsprojekt där du ingår. I ditt arbete kan även ingå att undervisa eller att delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20 procent av heltid.

I denna tjänst kommer du att ta nästa steg inom avancerad prediktiv modellering av IDP-interaktioner genom att aktivt integrera närhetsprofileringsdata från biotinylerade interaktom som identifierats med hjälp av masspektrometri (BioID). Nativt oordnade regioner (IDR) finns i ~70% av proteinerna i det mänskliga proteomet och antar företrädesvis konformationsensembler snarare än statiska 3D-strukturer, både på egen hand och när de binder till andra proteiner. Men trots den senaste tidens enorma framsteg inom strukturell proteomik i silico (2024 Nobelpris till Baker, Hassabis, Jumper), är mängden experimentella data om IDPer fortfarande inte tillräckliga för att träna AI-protokoll så att de tillförlitligt kan förutsäga hur IDP-komplex ser ut och fungerar.

Vårt tillvägagångssätt använder nya aspekter data om regulatoriska proteinhubbar i cancer där vi har direkt tillgång till experimentell validering, och kommer att vara direkt tillämplig på andra proteiner med relevant deponerad data. Den experimentella BioID-tekniken har hög effektivitet och kan identifiera både strukturella och övergående/dynamiska proteininteraktioner i celler, vilket ger insikter i dynamisk biologi i levande celler. Men BioID ensamt kan inte skilja direkta interaktioner från proxymedierade, och kan inte heller lösa strukturella detaljer om dessa interaktioner. För att ta itu med dessa begränsningar kommer vi att utveckla nya pipelines för prediktiv interaktionsmodellering baserat på BioID-data, för att bygga strukturdynamiska molekylära modeller som ska kunna användas som hypotesdrivande i experimentella laboratorier vid LiU, KI och University of Toronto. Denna integrerade strategi kommer att möjliggöra strukturell och dynamisk karakterisering av IDP-interaktioner baserat på deras ursprungliga cellulära kontext, vilket öppnar nya terapeutiska möjligheter att störa kritiska IDP-interaktioner vid cancer.

**Dina kvalifikationer

**

Du har avlagt examen på avancerad nivå inom naturvetenskap, medicin eller teknik, eller slutfört kurser om minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå. Alternativt har du på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Det är mycket meriterande om du har erfarenhet inom något eller några av områdena: programmering (helst Python), artificiell intelligens och maskininlärning, strukturell bioinformatik med AI tillämpningar t ex AlphaFold, kommandoradsmiljöer (BASH), en bakgrund inom strukturbiologi (molekylär modellering, proteindynamik, konformationsensembler), och/eller erfarenhet av molekylär modellering och simulering (GROMACS, NAMD, Rosetta el dyl).

Du bör ha ett djupt intresse av att bedriva tvärvetenskaplig Life Science-forskning, t ex genom aktivt deltagande i tvärvetenskapliga forskarlag, akademiska eller industriella. Vetenskaplig nyfikenhet och förmåga att tänka självständigt är väsentliga personliga egenskaper hos en kandidat. Du förväntas samarbeta med kollegor och samarbeta för att stödja forskargruppens verksamhet. Du måste också ha goda muntliga och skriftliga kommunikationsförmåga på engelska. Du ska tycka om att arbeta som en del av ett team och vara villig att lära av dina kollegor och att i gengäld dela din kunskap och erfarenhet med dem.

En avsiktsförklaring ska bifogas som beskriver dig själv, dina intressen, och hur du uppfyller de kvalifikationer som efterfrågas för denna tjänst.

Din arbetsplats

Tjänsten är placerad vid Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM) vid Linköpings universitet. Avdelningarna för kemi och bioinformatik bedriver båda forskning och utbildning inom proteinvetenskap, strukturell bioinformatik och strukturbiologi. Doktoranden följer forskarutbildningsprogrammet i bioinformatik och kommer att genomföra forskningsvistelser vid University of Toronto.

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2026 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 25 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss? Ansök nu!

Om anställningen

I samband med tillträde till anställningen kommer du att antas till forskarutbildningen. Läs mer om respektive fakultets forskarutbildning här.

Anställningen är tidsbegränsad till normalt fyra år heltid. Förlängning av anställning upp till fem år sker utifrån grad av undervisnings- och institutionsuppdrag. Vid särskilda skäl kan ytterligare förlängning ske. Du anställs till en början på ett år, och därefter förnyas anställningen med högst två år i taget, utifrån uppnådd studieplan.

Tillträde enligt överenskommelse.

Lön och förmåner

Doktorandlönen regleras utifrån en lokalt avtalad lönestege. Läs mer om förmåner för anställda här.

**Fackliga kontaktpersoner

**

Information om fackliga kontaktpersoner, se Hjälp för sökande.

**Ansökan

**

Du söker denna anställning genom att klicka på knappen ”Ansök” nedan. Din ansökan ska vara Linköpings universitet tillhanda senast den 28 maj 2026. Ansökan som inkommer efter sista ansökningsdag beaktas inte.